Μετά τη συγκομιδή εξάγονται οι σπόροι από τον καρπό όσο πιο γρήγορα γίνεται ώστε να αποφευχθούν δυσάρεστες συνέπειες στο τελικό προϊόν. Ουσιαστικά, είναι απαραίτητο να απομακρυνθεί ο πολτός και οι διάφορες μεμβράνες που περιβάλλουν τους κόκκους και αυτό μπορεί να επιτευχθεί κυρίως με δύο μεθόδους επεξεργασίας. Την «ξηρή» μέθοδο, η οποία δίνει «φυσικό» καφέ και την «υγρή» μέθοδο, που παράγει αυτό που λένε «πλυμένο» καφέ. 

Η πρώτη μέθοδος βασίζεται σε μια διεργασία που χρησιμοποιύσαν ήδη από την αρχαιότητα οι Άραβες και που μέχρι σήμερα χρησιμοποιείται σε χώρες με ξηρό κλίμα.

Οι δρύπες απλώνονται σε εξωτερικους χώρους για περίπου 20 ημέρες ώστε να ξεραθούν ή όπως συμβαίνει συνήθως τα τελευταία χρόνια αρκούν 2 ή 3 ημέρες σε κατάλληλους θαλάμους ξήρανσης. Κατόπιν οι καρποί  πηγαίνουν για αποφλοίωση σε μηχανήματα «ξεφλουδίσματος» τα οποία απελευθερώνουν τους σπόρους.

Ο πλυμένος καφές ακολουθεί μια διεργασία που αναπτύχθηκε στην Ολλανδία το 1740 και χαρακτηρίζεται από διάφορα στάδια. Οι καρποί τοποθετούνται σε μεγάλες δεξαμενές όπου οι πιο ώριμοι τείνουν να παραμείνουν στην επιφάνεια· σε αυτό το σημείο, με μηχανήματα διαχωρισμού, οι σπόροι αποπολτοποιούνται, ελευθερώνονται μηχανικά και βγαίνουν με υπολείμματα πολτού και με τη μεμβράνη που τους περιβάλλει. Στη συνέχεια οι σπόροι μεταφέρονται σε άλλους θαλάμους ζύμωσης όπου καθαρίζονται περαιτέρω από τα υπολείμματα, και μετά αποφλοιώνονται αφαιρώντας την ασημί μεμβράνη που τους περιβάλλει.

Σε αυτό το σημείο ο σπόρος πρέπει μόνο να ωριμάσει για περίπου τριάντα μέρες ώστε να αποκτήσει άρωμα και γεύση.

Σε γενικές γραμμές μπορούμε να πούμε ότι το μεγαλύτερο μέρος των καφέδων Ρομπούστα ειναι «φυσικοί» ενώ οι Αράμπικα είναι «πλυμένοι» με εξαίρεση το βραζιλιάνικο καφέ ο οποίος ανεξάρτητα από το είδος του είναι πάντα επεξεργασμένος με τη «φυσική» μέθοδο. 

Μετά την επεξεργασία του, ξηρή ή υγρή, ο καφές κοσκινίζεται με κόσκινα που διαφέρουν στη διάμετρο ανάλογα με το μέγεθος των κόκκων.

Η ταξινόμηση του ωμού καφέ μπορεί να γίνει με διάφορα κριτήρια όπως η προέλευση, το είδος, το έτος παραγωγής, το υψόμετρο των καλλιεργειών, την απόδοση στο καβούρδισμα ή σε σχέση με τη γεύση και το άρωμα του ροφήματος στο φλυτζάνι.

Μετά την ταξινόμηση οι κόκκοι του καφέ που προορίζονται για εξαγωγή συσκευάζονται σε σάκους από γιούτα και προωθούνται στη διεθνή αγορά.